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Python

Anaconda

Bien que le langage python soit disponible sur les machines, le module anaconda permet d'avoir la version 3.6 et vous donne accès à plusieurs librairies scientifiques dont scipy et numpy. Vous pouvez trouver la liste des modules disponibles sur le site https://store.continuum.io/cshop/anaconda/. Pour utiliser cette suite python, vous pouvez charger le module anaconda comme suit:

module load anaconda

Vous aurez aussi accès a certains environnement virtuels. Vous pouvez faire la commande:

module help anaconda

pour voir quels environnements sont disponibles.

Installation de module additionnels

Anaconda donne accès à de nombreuses librairies, mais il est possible que celle dont vous avez besoin ne soit pas disponible. Si c'est le cas, vous pouvez utiliser l'outil 'pip' pour chercher le module en question et l'installer.

Pour la recherche, on utilisera l'option search alors que pour l'installation on utilisera l'option install. À noter que pour l'installation, il faudra spécifier que cela doit être fait dans votre compte sinon le système essaiera de faire une installation globale qui échouera.

Voici un exemple de recherche:

>pip search pulp
coinor.pulp (1.0.4)      - This is a package that wraps pulp and imports it into the namespace package coinor.
pulp-or (1.4.6)          - PuLP is an LP modeler written in python. PuLP can generate MPS or LP files and call GLPK, COIN CLP/CBC, CPLEX, and GUROBI to solve linear problems.
PuLP-py3 (1.5.5)         - Temporary fork of PuLP offering support for Python 3 while retaining compatibility with Python 2. PuLP is an LP modeler that can generate MPS or LPfiles and call GLPK, COIN
                           CLP/CBC, CPLEX, and GUROBI to solve linear problems.
juicer (0.7.2)           - Administer Pulp and Release Carts
pulpo-forms (1.1)        - Django App to create dynamic Surveys
pulpcbc (0.1.4)          - UNKNOWN
pulpitum (0.2.2)         - PyPI client for Humans™
mypulp (0.0.9)           - `mypulp` is a package for mypulp.
yaposib (0.3.2)          - Yaposib is a python binding to OSI, the Open Solver Interface from COIN-OR. It intends to give access to various solvers through python. Yaposib was created in order to be
                           integrated in pulp-or (http://code.google.com/p/pulp-or).
pulp-smash (2016.11.10)  - A library for testing Pulp
PuLP (1.6.1)             -

Pour faire l'installation du module pulp on peut utiliser la commande suivante:

>pip install --user pulp
Collecting pulp
Collecting pyparsing<=1.9.9 (from pulp)
Installing collected packages: pyparsing, pulp
Successfully installed pulp pyparsing-2.0.3

numpy+scipy

Si vous utilisez cette librairie, faites attention si vous soumettez des tâches dans la grille de calcul puisque par défaut votre programme utilisera tous les processeurs disponibles. Pour réduire les ressources utilisées, vous pouvez lancez le programme comme suit:

OPENBLAS_NUM_THREADS=1 MKL_NUM_THREADS=1 python mon programme.py
fr/programmation-python.txt · Dernière modification: 2020/02/21 18:53 de admin